A Felelős Hatóság a nemzeti program megvalósítása érdekében két vagy három éves tervezési időszakokra vonatkozó munkaprogramokat készít. A munkaprogramokban kizárólag olyan tevékenységek szerepelhetnek, amelyek a nemzeti programban jóváhagyásra kerültek.

A Menekültügyi, Migrációs és Integrációs Alap 2014-2016. évi elfogadott munkaprogramja, amely a belügyminiszter 18/2015. (VII. 21.) BM utasításával került jóváhagyásra a csatolmányok között megtalálható.

A Menekültügyi, Migrációs és Integrációs Alap 2017-2018. évi elfogadott munkaprogramja, amely a belügyminiszter 33/2016. (XII. 16.) BM utasításával került jóváhagyásra a csatolmányok között megtalálható.